九州大学では「九州連携臨床腫瘍学ゲノム講習会」と題した複数回の講習会により、九州大学のがんプロ教員・学生等へ、がんゲノム医療について学ぶ機会を設けました。
今回はそのうち、次の日程で開催されたものに関する報告記事を掲載します。ぜひご覧ください。
○開催日： 平成29年12月26日（火）、平成30年1月4日（木）、1月11日（木）（ラボラリー1回目解答作成）、2月16日（金）（DNA抽出）、3月29日（木）、4月5日（木）（ラボラリー2回目解答作成）
○場所：九州大学大学院医学研究院 九州連携臨床腫瘍学講座カンファレンスルーム
○報告記事：
平成29年12月26日18:30より、九州連携臨床腫瘍学ゲノム講習会として、AMED革新的がん医療実用化研究事業「がんゲノム個別化医療の実現に向けた遺伝子診断共通カリキュラム構築と教育・研修プログラムの実証的開発研究」のクリニカルシークエンスラボラリーの内容を題材として、解析レポート作成実習を行いました。この事業はがんの網羅的遺伝子解析が広く普及し一般的になる時代に備えて、施設毎の解析結果、解析レポートの精度や特色を検証する目的で国内複数の大学で実施されています。課題として提供されたNGS検査を実施した悪性腫瘍2症例の遺伝子変異解析データについて解析レポートの作成を行いました。九州大学病院腫瘍内科専門医の土橋 賢司助教をファシリテーターとして、がんプロの教職員、履修生8名がレポート作成に参加しました。レポート作成に際しては、第2回ゲノム講習会で学んだオンラインデータベースでの情報収集を活用し、遺伝子変異が臨床的に有意であるか否か、その遺伝子変異を標的とした治療選択が可能か、2次的所見の有無やその対応などを検討しました。数回に分けて議論を行い、1月18日に解析レポートを完成しました。
また、平成30年2月16日より数回に分けて、第2回目のクリニカルシークエンスラボラリーに取り組みました。研究班からヒトのがんのホルマリン固定パラフィン包埋検体が各施設に送付され、そこからDNAを抽出し、がんの関連する遺伝子のパネルシークエンスを行い、その結果から主治医・患者さんに返却することを想定したレポートを作成します。検体は商業的に流通している組織を利用しました。検体からのDNA抽出など実験的な操作は、2月12日に開催された上記AMED事業の第2回実技講習会に倣って取り組み、2月16日に実施しました。シークエンス解析では検体から得られたDNAを増幅して解析するため、わずかなコンタミネーション（他の個体由来のDNAの混入）も結果に影響を与えてしまう可能性があります。九州大学がんプロ大学院生6名でコンタミネーションを避けるためのポイントを確認しながら抽出作業を行いました。抽出されたDNAからその配列情報を得るには、次世代シークエンサーで解読できる形式に編集したあと（ライブラリー作成）、シークエンサーでDNA配列情報の解析を行い、コンピューターで遺伝子異常の情報を検出します。今回、この工程は国内でクリニカルシークエンスを行っている検査受託会社に委託しました。シークエンス解析は解析手法が変わるとその結果も変わりうるため、今後研究室内のシークエンサー、コンピューターでも同様の解析を行い結果の整合性を確認する予定です。
その後、3月29日、4月5日の2回に分けて検査委託会社から返却された遺伝子解析結果の解釈とそれに基づくレポートの作成を行いました。今回は2症例をそれぞれ別々の検査委託会社に提出したため遺伝子解析結果の様式もそれぞれの会社で異なっており、同様のサービスを行っている会社でも返却される結果の様式に違いがあることがわかりました。遺伝子解析結果にはNGSの生データも添付されていたためそれらを参照しながら第1回の課題レポート作成時と同じようにオンラインのデータベースを駆使しながらレポート作成を行いました。
平成30年度から九州大学病院が「がんゲノム医療中核拠点病院」の認定を受け、全国的にもNGSを用いたがんゲノム医療が本格化していく中で、検体の処理から提出、遺伝子解析結果の返却からレポート作成までを模擬的に経験することはとても有意義だと思われました。
文責：九州大学病院血液・腫瘍・心血管内科 花村 文康、伊東 守、土橋 賢司
※第１回、第2回、第7回の報告記事は以下のリンクよりご覧ください。
・第1回 9月1日（金）http://www.k-ganpro.com/detail/49
・第2回 11月28日（火）http://www.k-ganpro.com/detail/52
・第7回 1月30日（火）http://www.k-ganpro.com/detail/71